以下のオプションはSML#コンパイラによるファイル検索 およびコード生成を制御する． このカテゴリに属するオプションは 対話環境やリンクモードにも作用する．

-I$dir$

.smiファイルの検索パスにディレクトリ$dir$を追加する． 複数の-Iオプションがコマンドラインに指定されている場合， 指定された順番で各ディレクトリを検索する． なお，このオプションは，リンク時の.smiファイルの検索にも 使用される．

-nostdpath

.smiファイルの検索パスを-Iで指定したディレクトリのみ に限定する．

-O, -O0, -O1, -O2, -O3, -Os, -Oz

最適化レベルを指定する． -O0は全ての最適化を無効にする． -O1から-O3は数字が大きいほどより高度な最適化を有効にする． -Oは-O2の別名である． -Osおよび-Ozはコードサイズを小さくする最適化を有効にする． これらのオプションがコマンドラインに複数指定された場合は， 最後のひとつのみが有効となる．

--target=$target$, -mcmodel $model$, -march $arch$, -mcpu $cpu$, -mattr $attrs$

LLVMのコード生成器に対して指定するターゲット，コードモデル， アーキテクチャ，CPU，およびコード生成属性を指定する． $model$はsmall, medium, large, kernelの いずれかである． $attrs$には属性のリストをコンマ区切りで指定する． $target$, $arch$, $cpu$, $attrs$に対して有効な 指定はLLVMマニュアルあるいはLLVM付属のllcコマンドのヘルプを参照せよ．

-fpic, -fPIC, -fno-pic, -mdynamic-no-pic

コードの再配置モデルを指定する． -fpicは-fPICの別名である． -fPICは再配置可能なコードを生成する． -fno-picは再配置しない（non-relocatableな）コードを生成する． -mdynamic-no-picは再配置可能な外部参照を含む再配置しない コードを生成する． これらのオプションが指定されていないときは，システム依存のデフォル トの再配置モデルが選択される．

-Xllc $arg$, -Xopt $arg$

コード生成の際に実行されるLLVMのllcおよびoptコマンドに 渡す追加の引数を指定する． 複数の-Xllcや-Xoptがコマンドラインに指定された 場合，全ての追加引数が指定された順にコマンドに渡される．

-emit-llvm

コンパイル結果をファイルに書き出すとき， ネイティブコードの代わりに LLVM IR を出力する． -emit-llvmが-Sと共に指定されているとき， アセンブリコードの代わりにテキスト形式の LLVM IR コードを出力する． デフォルトの出力ファイル名の拡張子は .sから.llに変わる． -cと共に指定されているとき， オブジェクトファイルの代わりに LLVM bitcode ファイルを出力する． デフォルトの出力ファイル名の拡張子は .oから.bcに変わる．